در صورتی که مجری از حدود وظایف و مسوولیتهای مندرج در این شیوه نامه، مقررات ملی ساختمان و شرایط عمومی قرارداد که جزو لاینفک این شیوه نامه می‌باشد عدول نماید یا مرتکب خلاف شود ناظر یا ناظران ذیربط خلاف را به مجری منعکس و با تعیین فرصت مناسب رعایت موارد ذی ربط را از وی خواهند خواست. در صورت عدم تمکین مجری به دستورات ابلاغی ناظر، وی موارد خلاف را با ذکر دلیل به ناظر هماهنگ کننده، به مرجع صدور پروانه ساختمان و سازمان استان به طور کتبی اعلام می‌نماید. حل اختلاف نظر بین ناظر، ناظران، ناظر هماهنگ کننده و مجری با توجه به نقشه‌ها و مشخصات فنی مصوب ساختمان یا پروژه یا مجموعه ساختمانی، در فصل چهارم این مجموعه شیوه نامه ذکر شده است.