در صورتی که مجری از حدود وظایف و مسوولیتهای مندرج در این شیوه نامه، مقررات ملی ساختمان و شرایط عمومی قرارداد که جزو لاینفک این شیوه نامه می‌باشد عدول نماید و یا مرتکب خلاف شود ناظر یا ناظران ذی ربط خلاف را به مجری ساختمان منعکس و با تعیین فرصت مناسب رعایت موارد ذی ربط را از وی خواهند خواست. در صورت عدم تمکین مجری به دستورات ابلاغی، ناظر یا ناظران ذیربط موارد خلاف را با ذکر دلیل به ناظر هماهنگ کننده منعکس نموده و نامبرده موارد را به سازمان استان و مرجع صدور پروانه ساختمان گزارش خواهد نمود. حل اختلاف نظر ناظر، ناظران و ناظر هماهنگ کننده با مجری با توجه به نقشه‌ها و مشخصات فنی مصوب ساختمان یا مجتمع و یا مجموعه ساختمانی، با سازمان استان است و نظر سازمان استان تعیین کننده خواهد بود. نحوه رفع اختلاف نظر بین ناظر و مجری در فصل چهارم ذکر شده است.